La construcción del Tren Maya se realizará en cinco estados que albergan variados ecosistemas, lo que ya ha generado diversas discusiones con el presidente Andrés Manuel López Obrador, principalmente en lo relativo al Tramo 5, pero en algunas zonas el propio gobierno ha propuesto como una alternativa ecológica el paso de fauna.
El paso de fauna es una estructura que le permite a las especies animales y vegetales pasar libremente en puentes elevados o túneles subterráneos, mientras que posibilita el tránsito de los transportes humanos en una vía o carretera. De esta manera se protegen a los animales del lugar, así como a la vegetación de la zona. 
Hay diversos tipos de paso de fauna, aunque los más comunes son los ecoductos, los pasos superiores e inferiores, túneles que se adaptan para animales terrestres e incluso drenajes para peces y anfibios, de acuerdo con la organización paisajeo.
El Tren Maya será la obra que más pasos de fauna utilice en México y protegerá a especies como el jaguar, ranas, serpientes, mono araña, entre varias más, de acuerdo con información del gobierno.
Además, estas estructuras buscan fomentar la reintegración de las especies locales a su hábitat.
El día de hoy, el gobierno de México presumió la construcción del paso de fauna en el Tramo 2 del Tren Maya, que va de Escárcega a Calkiní, a la altura de Pomuch.
